Cambiando de tema, las tres facciones tienen cada una sus pros y sus contras. Los humanos basan sus civilizaciones en el hierro y el corium, mientras los recién llegados aliens buscan silicio y el ya mencionado elemento químico para hacerse fuertes. Además las civilizaciones deben mantener un nivel aceptable de aire (el equivalente de la energía), no vaya a ser que se ahoguen definitivamente. Sus arsenales cambiarán y evolucionarán a medida que las investigaciones avancen, volviéndose cada vez más destructivos. Y por descontado, cada facción trae sus propias armas de destrucción masiva, el hecho que ahora la guerra sea bajo el agua no quita el dejar lo mejor de lado.
-Los White Sharks son una facción militarizada, agresiva y con preferencia en la fuerza bruta. Sin embargo tienen un handicap considerable, pues su nivel de tecnología esta por debajo de las demás, siendo sus armas principales los torpedos y llevando las de perder en los enfrentamientos uno contra uno. No obstante cualquiera que los tome a la ligera se encontrará con una riada de torpedos acompañados por descargas de plasma, proyectiles de hidro-fusión balizas anti-fantasma, racimos de minas...
"El tiburón es el depredador más poderoso que existe, al igual que nuestra civilización. Fue creada para defender, proteger y gobernar el mundo. Como soldado Shark tendrás el privilegio y el deber de compartir esta gloriosa causa."
-Los Black Octopi son una coalición de científicos centrada en crear una comunidad global, que sobresalen en el tema armamentístico con el uso intensivo de todo tipo de láseres, torpedos de racimo, armas electromagnéticas y tecnología de sigilo. No obstante, pese a su agilidad y velocidad, sus submarinos son frágiles. Quizá se deba al hecho de que son submarinos civiles reconvertidos para la guerra.
"En el pasado, la raza humana maltrató a la Tierra arrasando toda forma de vida. Únete a quien preserva a la madre Tierra y a sus hijos y que con voluntad de hierro acabará con cualquier obstáculo que se cruce ante sus metas."
-Los Silicon son la especie de alienígenas que decidieron instalarse en nuestro planeta sin preguntar si había sitio libre. Poseen un nivel tecnológico muy superior a las facciones humanas y no dudan en utilizarla en su avance, siendo su arsenal de bio-armas alienígenas prueba de ello. Sus unidades son una mezcla entre máquina y organismo vivo y poseen una versatilidad sorprendente, no obstante al usar silicio en su construcción el hierro no les es de utilidad.
"Ellos-muchos destruyeron nuestra estrella-semilla y continúan buscando el enfrentamiento entre los mundos-incubadoras. Salir de aquí-sobrevivir es fundamental. Estamos decididos-combinados a actuar juntos-comounosolo. Ayúda-nos."
Cada facción tiene sus propias unidades (tanto submarinos como estructuras defensivas), siendo exclusivas de la facción y los cuales solo pueden obtenerse si consigues capturar una fábrica enemiga, cosa que no suele ser tarea fácil.